La Commission de protection du territoire agricole du Québec a été créée lors de l'entrée en vigueur de la Loi sur la protection du territoire agricole du Québec, sanctionnée le 22 décembre 1978, avec effet rétroactif au 9 novembre de la même année. A l'occasion des modifications les plus récentes, entrées en vigueur le 20 juin 1997 (1996 c. 26), le nom de la loi fut changé pour devenir la Loi sur la protection du territoire et des activités agricoles.

On a introduit, dans la nouvelle loi, une réforme majeure du régime de protection du territoire et des activités agricoles, dans la perspective d'une implication accrue des instances municipales et d'une plus grande complémentarité entre le régime de protection du territoire et des activités agricoles et le régime d'aménagement prévu dans la Loi sur l'aménagement et l'urbanisme.