Depuis le 1er avril 1998, la Loi sur la justice administrative établit des règles de procédure menant à la prise d'une décision individuelle par un organisme gouvernemental ou par un ministère; ces règles diffèrent selon qu'une telle décision sera prise dans l'exercice d'une fonction administrative ou d'une fonction juridictionnelle.

Elle institue par ailleurs le Tribunal administratif du Québec (TAQ), lieu de contestation des décisions des organismes et ministères, où a été intégré le Tribunal d'appel en matière de protection du territoire agricole.

La Loi sur l'application de la Loi sur la justice administrative assure la mise en oeuvre des principes établis dans la Loi sur la justice administrative.

Dans un souci de déjudiciarisation de l'administration, cette loi a modifié plusieurs autres lois, et plus particulièrement la Loi sur la protection du territoire et des activités agricoles, pour alléger le processus décisionnel et le remettre dans une perspective administrative et institutionnelle plutôt que juridictionnelle. Elle vise à imposer le respect de règles d'équité procédurale plutôt que d'y appliquer les règles propres à un débat contradictoire de type judiciaire. Elle prévoit de plus, en certains cas, un mécanisme de révision administrative.

Le domaine d'intervention de la Commission exige une plus grande transparence dans le processus de décision. Cette réalité, conjuguée à l'obligation pour l'institution de donner au demandeur l'occasion de présenter ses observations lorsqu'on s'apprête à lui refuser sa demande, amène la Commission à prévenir, de façon systématique, le demandeur et les intervenants de la décision qu'on s'apprête à rendre, pour leur permettre d'y réagir. À cette fin, la loi d'application prévoit, dans le processus, la communication d'un compte rendu de la demande dans lequel la Commission indique son orientation préliminaire.

Après avoir été examinée à la municipalité et, le cas échéant, à la MRC et par l'Union des producteurs agricoles, une demande acheminée à la Commission est d'abord prise en charge par le Service d'ouverture des dossiers qui s'assure que les informations et les documents requis au formulaire de demande ont été fournis selon le règlement d’application de la Loi et à demander les avis requis (MRC et UPA). Par la suite, il est remis à l'atelier de cartographie qui localise précisément la demande sur certains documents, notamment une photographie aérienne.

La demande est par la suite examinée par l'analyste responsable du territoire ou du dossier en cause, puis à l'occasion d'une session de travail avec des membres de la Commission. Dans certains cas, la Commission pourra requérir une expertise additionnelle auprès de ses services professionnels ou tenir une rencontre préalable avec les instances.

Par la suite, un compte rendu de la demande sera rédigé et signé par les commissaires ayant pris part à la rencontre de travail; ce compte rendu indiquera en outre l'orientation préliminaire de la Commission à l'égard de la demande qui lui est soumise¹. Il sera adressé au demandeur, à la municipalité locale, à la municipalité régionale de comté, à la fédération régionale de l'Union des producteurs agricoles, ainsi qu'à toute personne intervenue à l'égard d'une demande.

Cette façon de faire a l'avantage de donner rapidement l'heure juste aux intervenants du milieu et ce, autant pour une orientation préliminaire favorable que celle qui ne l'est pas.

Un délai de trente (30) jours² est accordé au demandeur et à toute personne intéressée pour présenter des observations ou demander une rencontre avant la décision finale. S'il advenait qu'au terme de ces observations ou de la rencontre, une orientation préliminaire doive être changée pour annoncer une décision différente, la Commission en préviendra le demandeur et toute personne intéressée pour lui donner à nouveau l'occasion de présenter, dans les dix (10) jours, des observations écrites sur cette nouvelle orientation (ou de demander une rencontre si elle n'a pas déjà été tenue dans ce dossier).

¹ L'orientation préliminaire ne doit pas être confondue avec la décision : par exemple, elle ne justifie pas l'émission d'un permis de construction lorsqu'une autorisation est requise.
² Sauf si toutes les personnes intéressées y renoncent.

Une fois rendue, la décision peut être rectifiée s'il y a eu erreur d'écriture, de calcul ou de forme, et révisée dans la mesure uniquement où aucun recours n'a été formé devant le Tribunal administratif du Québec. En effet, à l'opposé de la contestation, la révision s'apparente davantage à une opportunité fournie aux personnes intéressées, comme à la Commission, de faire en sorte que celle-ci révise elle-même sa décision, mais seulement dans les circonstances suivantes :

1. lorsqu'est découvert un fait nouveau qui, s'il avait été connu en temps utile, aurait pu justifier une décision différente;


2. lorsque le demandeur ou une personne intéressée n'a pu, pour des raisons jugées suffisantes, présenter ses observations;


3. lorsqu'un vice de fond ou de procédure est de nature à invalider la décision ou l'ordonnance.